Зилантов монастырь был основан Иваном Грозным 15 октября 1552 г. в день взятия Казани, в память о павших воинах. Первоначально обитель была расположена на места братской могилы русских воинов, погибших у стен Казанского Кремля, но так как эта местность постоянно заливалась водами Волги, в 1569 году монастырь перенесли на Зилантову гору. Основная застройка обители была выполнена в XVII — начале XVIII в., тогда были построены: Успенский собор в 1625 г., Храм во имя Алексия Митрополита в 1720 г., жилые и хозяйственные постройки. Самой почитаемой реликвией монастыря была икона Смоленской Божией Матери, принесенная в Казань Иваном IV.
В то время это был мужской монастырь, расположенный в тихом спокойном месте, вдали от городского шума, в котором было немного послушников. Обитель существовала до 1918 года, а потом была закрыта. Во время Гражданской войны десять его монахов во главе с архимандритом расстреляли без суда и следствия по неясному обвинению в нападении на красногвардейцев. До 1928 года на основе обители существовала православная община, но затем она была закрыта. В 30-е годы было уничтожено кладбище, где похоронены многие именитые люди. В советское время помещения монастыря использовались для самых разных целей – здесь содержались несовершеннолетние преступники, были склады МВД, а также находились коммунальные квартиры. За годы советской власти Зилантов монастырь практически был уничтожен за исключением Сверхсвятской церкви и Настоятельского корпуса.
В 1998 году Зилантов монастырь был передан Казанской епархии, и с этого времени началось его восстановление. Были возведены колокольня и крестильный храм, а построенный Троицкий собор стал точной копией одноименного собора в Троице-Сергиевой Лавре. Также восстановлены Успенский собор, Настоятельский и Сестринский корпуса с домовой церковью. В год тысячелетия Казани в июле 2005 года в рамках своего визита обитель посетил патриарх Московский и всея Руси Алексий II.
В настоящее время здесь совершается полный цикл суточного богослужения, монастырские сестры выполняют реставрацию икон, занимаются рукоделием и проводят экскурсии по территории.
Зилантов монастырь берет свое название от горы, на которой он располагается — Зилантова гора (по-татарски Жилантау — Змеиная гора). Название самой горы происходит от имени легендарного дракона, якобы жившего на горе. Когда построили Казанскую крепость, оказалось, что в этих местах очень много змей и поэтому народ боялся здесь заселяться. По легенде правил всеми змеями страшный змей-дракон Зилант, наводивший ужас на людей. Один из смелых юношей вызвал змея на поединок и победил его, но и сам погиб. В память о подвиге батыра («добрый молодец» в татарском фольклоре) и в назидание потомкам крылатый дракон Зилант изображен на гербе Казани.
В монастыре:
— каждую субботу после Литургии проводится Панихида, в том числе с поминовением усопших, по древнему заупокойному синодику (с 1560 г.);
— каждую среду, кроме великих и двунадесятых праздников, перед Литургией совершается молебен с чтением Акафиста перед почитаемой иконой Успения Божией Матери;
— ежемесячно в часовне проводится молебен 14 тысячам убиенным младенцам в Вифлееме;
— каждый четверг служатся молебны святым по требам прихожан;
— ежемесячно служится Литургия при больничном храме («Благодатное небо»).
Также в обители работает церковная лавка, воскресная школа, библиотека, трапезная;
имеется Дом паломника.