История Храма святых Двенадцати Апостолов в Балаклаве уходит далеко в глубь веков, сквозь генуэзскую эпоху восходит к византийской. Этот памятник архитектуры XVIII века считается одним из самых ранних православных храмов на территории полуострова.
Церковь была построена и освящена во имя Двенадцати Апостолов в 1375 году. Об этом свидетельствует вмонтированный в стену камень. Надпись на нем гласила: «1357, в день сентября, начата эта постройка во время управления скромного мужа Симонo дель Орте, консула и кастеляна». Речь в данном случае идет об одном из первых консулов генуэзской крепости Чембало. Существует версия, что Симоно дель Орте строил храм на фундаменте византийского храма VI века. Каменное здание на этом месте построили намного позже, в 1794 году. Однако, в период Крымской войны оно сильно пострадало от рук англо-французских союзников, и восстановлено силами прихожан лишь в 1875 году.
С приходом советской власти православный храм закрыли. Службы проходили здесь во время Великой Отечественной войны, после в здании располагался клуб Осоавиахима и Дом Пионеров.
Восстановительные работы в полуразрушенном здании начал архимандрит Августин в 90-е годы. Сегодня церковь стала подворьем Инкерманского Свято-Климентовского монастыря.
