Московский исламский институт (МИИ) был создан в 1999 году на базе Московского высшего духовного исламского колледжа, основанного в 1994 году при Духовном управлении мусульман Европейской части России.
Основной целью деятельности МИИ является повышение духовного потенциала и укрепление нравственных устоев общества, создание религиозной веротерпимости и уважения к духовным и культурным запросам общества и сфер их профессиональной деятельности.