Первая томская кирха была каменной и находилась на территории нынешнего Городского сада, недалеко от дома губернатора (ныне — Дом учёных). Полностью кирха была достроена в 1864 году.
В 1930 году здание кирхи было передано слесарным мастерским, затем — морсо-ягодному заводу, а с 1935 года не использовалось. В 1936 году храм был разобран, а кирпич использован для строительства.
В 2006 году, к российско-германскому саммиту, проходившему в Томске, за два месяца было построено новое здание на пересечении улиц Гоголя и Карташова. По виду новая кирха напоминает старую, хотя прежняя была каменной, а новая — сосновая. Высота кирхи — 26 метров.
