Старейшая синагога в Сибири.
Историки считают, что первые евреи попали в Сибирь в числе польских военных, взятых в плен в ходе войны 1623-1624 годов.
В дальнейшем многие евреи попадали в Томск в качестве так называемых «николаевских солдат».
В 1837 году, как свидетельствуют архивные записи, в городе проживало 35 иудейских семей. Ими было подано ходатайство властям с просьбой разрешить создание общины.
Строительство синагоги началось в 1850 г., когда было построено её первое деревянное здание. На его месте в 1902 г. на средства общины была построена двухэтажная кирпичная синагога.
В 1929 г. властями синагога была закрыта и до 1999 г. передавалась от одной государственной организации другой. Еврейской общине здание было возвращено в 1999 году.
