Площадь заказника составляет 500 тысяч га, а это 10% от площади Большого Васюганского болота и 1,5% площади Томской области. Васюганский заказник был образован с целью сохранения в естественном состоянии уникальных природных ландшафтов Большого Васюганского болота — крупнейшей болотной системы планеты, для сохранения биологического и генетического разнообразия болотных и лесоболотных экосистем на юге лесной зоны Западной Сибири и охраны редких и исчезающих видов растений и животных, занесенных в Красные книги Российской Федерации и Томской области. Также заказник призван обеспечить сохранность путей миграций и мигрирующих животных, включая дикого северного оленя как вида, обитающего на пределе ареала.Флора болота включает 242 вида растений, из них 26 редких и исчезающих видов. Фауну представляет 41 вид млекопитающих, 195 видов птиц, из которых в Красные книги разного уровня внесены 22 вида.
В 2012 году по результатам голосования, организованного департаментом природных ресурсов и охраны окружающей среды Томской области,Васюганский заказник признан одним из Семи чудес природы Томской области.
