В 1895 г. Екатерина Алексеевна Хомякова (дочь Алексея Сергеевича Хомякова, главы движения славянофилов) на личные средства в «своем имении близ Пятигорска», по благословлению Владикавказской Духовной Консисторией и с согласия Терского областного правления начала строительство храма во имя Святой Троицы по проекту С. У. Соловьева. В 1902 году по завершению строительства Свято-Троицкий храм был освящен.
Храм построен со звонницей, на которой висели пять небольших колоколов. Колокола были отлиты в 1902 году в Москве на знаменитом колокололитейном заводе Финляндского.
Все иконы выполнены в строгом византийском стиле в Москве иконописцем и реставратором Двора Его Императорского Величества В. П. Гурьяновым.

В 1904 г. по прошению Е. А. Хомяковой открылся самостоятельный приход, а несколько позже создана женская православная община с приютом для детей сирот и больницей для окрестного населения.
В конце двадцатых годов монастырь закрыли, инфраструктуру разрушили. К современному периоду Троицкий храм сильно пострадал. Внешняя облицовка стен частично разрушена. Кровли, окон, купола, у храма не было. Внутреннее помещение храм было засыпано мусором почти до окон.

С 1995 году по благословлению митрополита Ставропольского и Владикавказского Гедеона началось восстановление Свято-Троицкий обители. 7 марта 2000 года Священным Синодом РПЦ по прошению митрополита Ставропольского и Владикавказского Гедеона Свято-Троицкий приход преобразован в Свято-Троицкий женский монастырь.

Настоятельницей была утверждена монахиня Антония (Бобылева). Понадобились десятилетия упорного труда насельниц, трудников и благотоворителей монастыря, чтобы внешний вид храма Святой Троицы принял свой первоначальный облик. Постепенно приведена в порядок территория монастыря, выстроено красивое ограждение монастырских земель. Полностью выкуплен у местных жителей домик для монашеской обители. В феврале 2001 года пять колоколов, отлитые в Ярославской области, были переданных в дар монастырю.
В 2011 году епископом Пятигорским и Черкесским Феофилактом в монастырь на хранение принесен пояс Пресвятой Богородицы.
В 2000 году в 450 метрах от монастыря был открыт святой источник, освященный в честь преподобного Серафима Саровского, явление которого неоднократно засвидетельствовано насельницам в монастырской истории.