Изначально Воскресенский собор был простой приходской церковью. Дата и причины основания неизвестны. Но из описи Векова (1629 г.) выясняется, что Воскресенская церковь была приходской, а вскоре, примерно в 1690 г., был возведён каменный пятиглавый собор. Отстроенный собор существовал недолго, и вскоре из-за ветхости был разрушен.
В 1739 г., по прошению протопопа Льва Семёнова, из Суздальской протоиерейской канцелярии был дан указ о возобновлении собора. В 1792 г. усердием горожан и молитвами начал воздвигаться ныне существующий Воскресенский собор.
Строительство велось на том же возвышенном месте, и 19 сентября 1799 г. собор был освящён епископом Владимирским и Суздальским Виктором.
Сегодня Воскресенский собор является кафедральным собором Шуйской Епархии.
С историей собора неразрывно связана история о чудотворной иконе Шуйской Смоленской Богоматери. В 1654 году в Шуе свирепствовал мировая язва. Благочестивые жители, напуганные болезнью, решили написать икону Смоленской Богоматери, и реализовали своё решение. Икону написал Шуйский зоограф Герасим Тиханов. Когда же икону принесли в церковь Воскресения Христова, начались чудеса: язва стала прекращаться и вскоре совсем ушла. Столь явное чудо, как исцеление от язвы, возбудило в людях особенное почитание к Святой иконе. Народ начал стекаться со всех сторон, и многие, одержимые разными недугами, получали исцеление. Для исследования столь важных обстоятельств в Шую была выслана особая комиссия под главным управлением Суздальского и Тарусского архиепископа Стефана. Истина чудес была подтверждена и описана, а икона получила название «Смоленская – Шуйская Богоматерь».