Первый деревянный храм был построен в 1738 году на деньги мореплавателя Емельяна Югова. С самого момента основания церкви, прихожане собирали средства на строительство каменного здания.
В 1777 году, благодаря участию Емельяна Югова и Василия Балакшина, был заложен каменный храм в стиле позднего барокко.
Рядом с храмом находилась богадельня в доме купца А.П. Трапезникова.
Церковь называли «морской», ведь среди жертвователей церкви были купцы, организовавшие морские экспедиции на Камчатку и Курильские острова. Здесь 5 марта 1904 года венчался лейтенант А.В. Колчак, посвятивший годы изучению Арктики.
