В середине XVIII в. в юго-западной части Земляного города, на Киселевском бугре, возникла слобода из новопоселенцев, получившая название «Безродной», так как большую часть её жителей составляли беглые крестьяне. Они были прихожанами Петропавловской церкви, находившейся у Адмиралтейства. В 1744 г. началось создание канала, который отделил Безродную слободу от приходского храма.
В 1763 г. жители Безродной слободы попросили у астраханского епископа Мефодия разрешения перенести к ним находившуюся при Крестовоздвиженском храме бесхозную деревянную церковь в честь Святителя Иоанна Златоуста. Получив благословение, церковь была перенесена и поставлена в центре Киселёвского бугра, с учреждением здесь прихода. Но церковь была очень мала. По этой причине её священнослужители начали сбор пожертвований на постройку нового каменного храма, строительство которого было завершено в 1826 г.
В 1919 г. во время восстания астраханских рабочих против Советской Власти колокольня храма была снесена выстрелом из орудия с миноносца, но на средства верующих вновь восстановлена. В 1938 г. храм был закрыт. Открывается храм только к 1944 г.
В 2001 г. состоялось освящение закладки камня в основание новой колокольни, которая была выстроена в точном соответствии со старыми формами. Сам храм построен в классическом стиле, венчается шлемообразным куполом, водруженным на четырёх стенах – «восьмерик на четверике», получившим распространение в средней полосе России. Во второй половине XIX в. белые фасады переделывались, появились барельефы с изображениями святых, схожие с евангельскими картинами Николая Николаевича Ге, одного из крупнейших русских живописцев. Над входом в церковь помещена лепная фигура святителя Иоанна Златоуста, а на западном фасаде колокольни фигурки ангелов, склонённых в скорби.
