Иоанно-Предтеченский монастырь был основан в конце XVII в., первые упоминания о нем относятся к 1688 г. Соборный храм освящен в 1697 г.
В начале XX в. в монастыре были игумен, 8 монахов и 5 послушников. В 1919 г. монастырь был закрыт, но храмы продолжали действовать до 1929 г. Впоследствии Иоанно-Предтеченский монастырский собор и колокольня с церковью Иоанна Воина вскоре были снесены, Сретенский храм использовался как складское помещение.
Сретенский храм был возвращен православной епархии в 1989 г. и освящен в честь Усекновения Главы Святого Пророка Иоанна Предтечи.
В 1995 г. Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение о возрождении монашеской жизни в Иоанно-Предтеченском мужском монастыре.
