В 1778 г. была построена каменная часовня, в которой выставили икону Святителя Николая Чудотворца. В середине XIX в. обветшавшие постройки монастыря были отремонтированы на средства астраханского купца Абезьянина.
Сильный пожар 1894 г. уничтожил деревянные постройки монастыря, трапезную, церковно-приходскую школу, каменную кухню и другие хозяйственные постройки. В 1896-1900 гг. почти все сгоревшие постройки были восстановлены или заменены новыми.
В 1901 г. на месте старой часовни во имя Николая Чудотворца была построена новая. Часовня располагалась на юго-восточном углу монастырской стены. Построена она была в древнерусском стиле восьмигранной формы, увенчанная металлическим шатром.
Нижний край шатра опоясывает кольцо из кокошников. Поверху продолжением шатра шёл ажурный металлический фонарь с позолоченной миниатюрной главкой и с восьмиконечным крестом. С северной стороны часовни был пристроен особый каменный притвор, ведший во внутренний дворик монастыря. С южной стороны, где располагалась Армянская площадь, в стене часовни была сделана дверь, с двумя окошками по её бокам. Эта дверь была с улицы внутрь часовни. Здесь находился вызолоченный иконостас, устроенный в 1901 году, с обновлёнными, а также новыми иконами.
В настоящее время часовня Святителя Николая восстановлена и открыта для верующих.