С этим храмом на острове Патмос связано предание, которое гласит о том, что евангелисту Иоанну Богослову в ниспосланном видении пригрезились два храма, словно парящие над водой, один — в Средиземном море, другой — далеко от него, в алтайской глубинке. Любопытно, что название острова — Патмос — в Средиземноморье и на Алтае совпадает. Остров Патмос на Катуни — небольшой каменный остров, до которого добраться ранее можно было только на лодке по бурным водам.

Первый Чемальский храм был построен трудами иеромонаха Иоанна в 1849 году во имя святого апостола — евангелиста Иоанна Богослова на берегу реки Катунь. С постройкой храма здесь основывается Чемальский стан Алтайской духовной миссии. Напротив стана находился скалистый островок, который местные миссионеры назвали Патмос, избрали его местом уединенной молитвы.

Патмос был освящён епископом Парфением 9 августа 1855 года. Об этом свидетельствовала собственноручная надпись архиерея на камне: «1855 года августа 9-го дня, на память святого апостола Матфея, освящён остров сей во славу Единосущныя и Живоначальныя Троицы и в честь Предтечи и Крестителя Спасова Иоанна». Вскоре усилиями прихожан Чемальского храма надпись, сделанная епископом Парфением, была увековечена в чугуне.

В 1920-е годы храм и мост на остров были полностью уничтожены. И только через 80 лет православные святыни были восстановлены приехавшими из Москвы в село Чемал миссионерами Павловым Виктором Николаевичем с супругой. Сначала был построен подвесной мост на остров Патмос через реку Катунь, а к весне 2000 года возрожден Храм Иоанна Богослова (точная копия первого старого деревянного храма). 10 января 2001 года храм освящен епископом Барнаульским и Алтайским Антонием во имя апостола Иоанна Богослова и передан Барнаульскому Знаменскому женскому монастырю.
После того, как вы въезжаете в с. Чемал, проехав 4 км по главной улице Пчёлкина, сворачиваете по асфальтовой дороге вправо и поднимаетесь в гору. Чуть больше 1 км вы двигаетесь по ней прямо по горе Бешпек, а потом дорога сворачивает направо. Ещё около 600 м и вы приедете на площадку для стоянки автомашин. Оставив машину на площадке, вы спускаетесь около 450 м по тропинке прямо к мосту на остров Патмос.