Музей истории Алтайской духовной миссии расположен в здании Архиерейского дома, построенном в 1888 году. Само здание было построено на средства бийских благотворителей, на третьем этаже здания размещалась домовая однопрестольная церковь Святителя Димитрия Ростовского.
Во второй половине XIX – начале XX веков Бийск был центром Алтайской духовной миссии. В эпоху расцвета центр миссии – Бийское архиерейское подворье, представлял собой внушительный комплекс зданий, парков и водоемов. Многие строения сохранились и сегодня.
Музей истории Алтайской духовной миссии основан 28 января 2008 года. В фондах музея порядка 10 тысяч экспонатов. Самый древний– «Октоих», первопечатная книга Руси, изданная в Москве в 1618 году. Среди уникальных собраний музея следует назвать коллекции православных икон, медного православного литья, старопечатных православных книг, нательных крестов и многого другого.
В 1920 г. архиерейский дом был национализирован, использовался под помещение школ имени Коминтерна и Грибоедова, автомобильный техникум, военный госпиталь в годы Великой Отечественной войны, а затем – штаб воинской части.
В 2002 г. здание было возвращено Бийскому благочинию Русской православной церкви. Рабочие, которые проводили ремонт, обнаружили в стенах здания тайные ходы, ведущие через подвал к целой сети подземных лабиринтов. Входы в лабиринты тщательно замурованы, и тайна их пока не раскрыта.
