Музей создан 13 июня 1989 года. Он расположен в подвальном помещении, в котором с 1923 по 1944 гг. находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ–НКВД. Там, где сейчас находится Сквер Памяти, в прошлом был двор, в котором прогуливались заключенные.
