Сахалин — каторжная колония дореволюционной России, и первый музей на острове был основан именно каторжной администрацией и ссыльными в 1896 году. После подписания Портсмутского мира (1905) и передачи Японии юга Сахалина музейная деятельность стала вестись обоими государствами, именно тогда японской стороной и было построено нынешнее здание музея. А уже после окончания Второй мировой войны японский музей был национализирован и все коллекции из советского краеведческого музея были перевезены сюда же. Коллекция музея 200 тысяч предметов. Наиболее ценные экспонаты — старинные предметы традиционной культуры аборигенов Сахалина и палеонтологические коллекции. Привлекает внимание и здание музея, выполненное в традиционном японском стиле «императорская корона».
