Появление монастыря восходит к 1905 г., когда Иоанн Кронштадтский освятил место для возведения первого храма. В строительстве принимало участие местное казачество, поступали средства из фонда императора Александра III, а также из фонда по строительству Транссибирской магистрали. Уже после основания Ачаирского монастыря на его территории был открыт источник минеральной воды. В 2000 году был освящен новый храм Иоанна Крестителя на водах, построенный для крещения.
Ужасна была судьба Ачаирского монастыря, закрытого в начале 30-х годов: в его стенах разместили один из самых страшных лагерей в СССР. За 16 лет существования в нём погибло около 200000 человек. Здесь люди погибали от невыносимых условий жизни. Неотапливаемые бараки в одну доску, насквозь пронизываемые ледяным ветром, снегом и дождём, легкая одежда, 40-градусный мороз… Кормили заключённых бурдой из овсюга, вызывавшей желудочно-кишечные кровотечения. На территории монастыря сохранились рвы, в которые сбрасывались тела умерших.
