Часовня построена на месте, которое в 1913 году было признано центром Российской Империи.
Строительство часовни началось 20 июля 1914 года в ознаменование 20-летнего юбилея со дня закладки железнодорожного моста через Обь на пересечении Николаевского (сейчас Красного) проспекта и улицы Тобизеновской (в наши дни – Максима Горького). В советское время часовня была снесена, а на ее месте недолгое время находилась статуя «Комсомолец», а затем памятник И. В. Сталину.
Часовня была вновь возведена в 1993 году к 100-летнему юбилею Новосибирска, правда, немного в другом месте, дальше от перекрёстка, где она располагалась изначально.
После восстановления на Красном проспекте Новосибирска часовни Николая Чудотворца в печати появилось немало сообщений о том, что Новосибирск стал территориальным центром России. Впервые эта мысль прозвучала 21 декабря 1988 года в радиопередаче «Микрофорум», где часовня называлась центром Российской империи и говорилось о том, что ее надо восстановить.
