Музей города Новосибирска создан 1 марта 2010 г. на основе Мемориального музейного центра имени Ю. В. Кондратюка. Музей разместился в здании, где работал Александр Игнатьевич Шаргей, известный под именем Юрий Васильевич Кондратюк, – один из основоположников космонавтики, рассчитавший оптимальную траекторию полета к луне.