В настоящее время в Новосибирском зоопарке содержится около 10 000 особей 702 видов животных. Более 300 видов занесены в Международную Красную Книгу, Красную Книгу России и Новосибирской области. На 56 видов ведутся международные племенные книги. Коллектив зоопарка участвует в 53 международных программах по сохранению редких и исчезающих видов животных.
В Новосибирском зоопарке собрана одна из лучших в мире коллекций представителей семейства кошачьих и куницеобразных.
Зоопарк является членом 3-х международных союзов: EAZA (Европейская Ассоциация Зоопарков и Аквариумов), ЕАРАЗА (Европейско-Азиатская Региональная Ассоциация Зоопарков и Аквариумов), WAZA (Международная Ассоциация Зоопарков и аквариумов). Участвует в международной компьютерной программе ISIS.
Потомство некоторых редких видов впервые в мировой зоологической практике получено в нашем зоопарке — речная выдра, перевязка, азиатская дикуша, камчатский снежный баран, путоранский баран и другие.
Эмблемой Новосибирского зоопарка стал снежный барс — уникальное по красоте и грации животное, сохранившееся в Сибири только на Алтае.