Кафедральный собор заложили в 1900 году, через два года после крушения царского поезда, в котором чудом выжили члены семьи императора Александра III. Незадолго до трагического события император с супругой и сыновьями посетили Екатеринодар, поэтому в городе решили построить храм в честь избавления царской семьи
от смерти. В 1920-х годах собор был полностью разграблен, а через десять лет его превратили в склад, сняв колокола для переплавки. Богослужения возобновились в 1944 году, когда Краснодар был освобожден от немецких войск. Сейчас главный храм Екатеринодарской и Кубанской епархий отреставрирован, его большой купол покрыт сусальным золотом, а внутри всё тихо и строго.
