Коллекцию Башкирского государственного художественного музея им. М.В. Нестерова составляют произведения живописи, графики, скульптуры и декоративно-прикладного искусства русских, башкирских и зарубежных мастеров.
Музей тесно сотрудничает с Государственным Русским музеем и Государственной Третьяковской галереей, уже несколько раз проводились выставки из фондов музея в залах Третьяковской Галереи. Сейчас музей находится на реконструкции до октября 2014 года, а его коллекции вывезены на другие площадки.
В музее выставляются полотна отечественных художников — живописные произведения М. Нестерова, И. Репина, М. Врубеля, И. Айвазовского, В. Серова, И. Левитана, А. Саврасова, Коровина, рисунки Б. Кустодиева, Е. Лансере, Ф. Малявина, скульптура П. Антокольского. Главной ценностью являются 60 работ М. Нестерова, подаренные музею.
Также выставляются известные художники Башкортостана А. Тюлькина, Б. Бурлюка, Р. Нурмухаметова, А. Кузнецова‚ А. Лутфуллина, Ф. Кащеева, А. Ситдиковой, Р. Халитова, Б. Домашникова, А. Бурзянцева, А. Пантелеева, В. Пустарнакова, графиков Р. Гумерова, Б. Палехи, Э. Саитова, М. Елгашиной, скульптуры Т. Нечаевой, Б. Фузеева, А. Шутова, произведения мастеров театрально-декорационного искусства А. Арсланова, Г. Имашевой.
Помимо картин, в музее экспонируются старинные иконы, первопечатные и рукописные книги, предметы декоративно-прикладного искусства.
