Аллея была заложена в 60-х годах XIX века женой первого уфимского губернатора Софьей Аксаковой, поэтому аллея и получила это милое название. Если пройтись по аллее от начала до конца, то на пути можно увидеть множество достопримечательностей Уфы: Дом губернатора (ныне здание Министерства здравоохранения Республики Башкортостан), Первую соборную мечеть Уфы и здание Центрального духовного управления мусульман России, Мемориальный дом-музей Сергея Аксакова и сад Салавата Юлаева (бывший Случевский парк).
Софьюшкина аллея является единственной в Уфе аллеей классического типа. Деревья на ней высажены в шахматном порядке. В прежние времена кроме лип здесь росли яблони, груши, клены березы, рябины. Такая планировка обеспечивала красочную палитру аллеи на протяжении почти всего года — с ранней весны, когда цветут яблони, до багряных кленовых листопадов поздней осенью.