Храм во имя Святых Апостолов Петра и Павла был построен в период с 1890 по 1894 год по проекту немецкого архитектора Готлиба Цинке. В сентябре 1894 года в торжественной обстановке храм был освящен Тобольским Епископом Агафангелом. В послевоенное время здание использовалось как овощехранилище, склад, спортивная школа. В 1991 году церковь была возвращена верующим, состоялось ее торжественное освящение епископом Тюменской и Тобольской Епархии владыкой Димитрием.
В последние годы ХХ века проводилась реставрация храма, в 1998 году она была завершена. В июле 2006 года в Салехарде впервые состоялся крестный ход, посвященный празднику святых апостолов Петра и Павла.
Храм представляет особый интерес с точки зрения исторических конструкций, т.к. строительство в условиях вечной мерзлоты и зимнего холода предполагает особое конструктивное и инженерное решение. Это единственное сохранившееся культовое здание XIX века в городе и округе, отражающее историю распространения христианства в Сибири. Высота здания – 51,8 метра, толщина стен – 1,68 метра, высота колокольни – 51,82 метра.