Музей хомуса народов мира открыт 30 ноября 1990 года при Едином научно-методическом Центре культпросвет работников и народного творчества Министерства культуры Якутской ССР.
Инициатором создания музея является И. Е. Алексеев, известный хомусист-импровизатор, неутомимый пропагандист возрождения хомусной музыки. В 1988 году он побывал в Соединенных Штатах Америки, где проводился фестиваль фольклорной музыки народов Северной Америки. Встретился с исследователями- исполнителями варганной музыки М. Сигером, Ф. Крейном, Л. Фоксом. Там у него зародилась идея создания музея. По возвращении И.Е. Алексеев выступил с инициативой об открытии Музея Хомуса.
Основой создания фонда музея послужила личная коллекция варганов, собранная в разных странах мира, подаренная Алексеевым будущему музею. В коллекции были варганы из Таиланда, Филиппин, Индии, Тывы, Монголии, Шотландии, Австрии и других стран. Вместе с варганами хомусист подарил фотоматериалы, грампластинки, книги, журналы, газетные статьи, рекламные материалы и другие предметы, посвященные варганной музыке.