Время основания в Царицыне первой деревянной церкви Иоанна Предтечи относят к 1664 году. Одна из страниц истории связана с посещением ее царем Петром I в 1695 году по пути в Азовский поход против турок. В этой обители молились казаки Степана Разина после возвращения из Персидского похода в 1669 году.
Каменный храм, взамен деревянного, был построен в 1704 году и просуществовал до 1932 года, когда власти приказали пустить церковь на слом.
Возвращение к жизни первого царицынского храма началось с освящения в сентябре 1995 года закладного камня, а в 2001 году церковь была полностью восстановлена.
2 июля 1589 года, строительством деревянной церкви во имя св.Иоанна Предтечи, была заложена крепость «Царицын». Строилась церковь донскими (по другой версии, — астраханскими) казаками. Однако простояла она чуть более 10 лет. Пожар, случившийся вскоре, уничтожил многие деревянные строения нового города. Не пощадил он и Предтеченскую Церковь. В 1615 году Храм был восстановлен. Церковь Иоанна Предтечи оказалась тесно связана и с развитием монастырской жизни Царицына.