Музей основан Евгением Николаевичем Пушкиным, который в течение всей жизни собирал и реставрировал музыкальные инструменты. Сначала это была частная коллекция, но в 1985 году Е.Н. Пушкин подарил городу 242 экспоната, которые были собраны по всему миру. Сегодня в коллекции музея их более 300. Экскурсии сопровождаются звучанием коллекционных инструментов.
Колекционный гавиоли, например, изготовлен в Санкт-Петербурге немецкой фирмой «Циммерман» и удостоен в 1867 году бронзовой медали на выставке в Париже. А вот гармонию-флют принес в мешке музыкальный мастер, который, разобрав, собрать ее не сумел. Пять месяцев трудился Евгений Николаевич над инструментом, прежде чем он «ожил».
На одной из гармоник написано: «окордион», потому что талантливый, но мало — грамотный астраханский мастер Ваняшин не знал, как пишется это слово.
В книге отзывов музея есть запись: «Музыкальный дом — источник радости и вдохновения… Инструменты живые, на душе так тепло… Музыка объединяет все национальности…»