В писцовых книгах 1628-1630 гг. впервые упоминается деревянная церковь во имя свт. Иоанна Милостивого. К середине XVII века при церкви был устроен женский монастырь. В 1764 г. монастыри во Мстере были упразднены по указу Екатерины II и церковь свт. Иоанна Милостивого стала приходской. В конце XVIII века ансамбль бывшего женского монастыря состоял из деревянных церквей во имя свт. Иоанна Милостивого с приделами Казанской иконы Божией Матери и Филиппа Митрополита, шатровой колокольни с главным входом, каменной ограды, и небольшой часовни. В 1809 г. деревянная церковь свт. Иоанна Милостивого была разобрана и на ее месте построен однопрестольный каменный храм с главой на невысоком барабане.
