В 1907 г. в царской семье состоялось радостное событие – рождение наследника Российского престола Алексея Николаевича. Желая увековечить данное событие, омичи решили соорудить каменную часовню. В то время ещё не прошла боль от поражения в Русско-Японской войне. Поэтому решили, что весь доход от продажи свечей, за вычетом расходов по содержанию часовни, должен поступать на помощь семьям бойцов, павших на войне с Японией. Часовню назвали во имя Серафима Саровского Чудотворца и наследника цесаревича Алексея. Внутри часовни были установлены доски с именами погибших в войне. Неугасимая лампада, горевшая в часовне, стала прообразом вечного огня на современных мемориалах.
Автором часовни, по всей видимости, был томский архитектор А. Д. Крячков, проектировавший часовню с мотивами ярославского зодчества. По некоторым другим данным, авторство принадлежит архитектору А. И. фон Гогену.
В 1928 г. часовню снесли решением Омского горсовета как не представляющую художественную ценность. Восстановлена в 1994 г. по проекту реконструкции художника В.А. Десятова.