Охранная зона заповедника занимает территорию 7998 га. В 2008 г. леса охранной зоны были переданы заповеднику в постоянное (бессрочное) пользование. Заповедник занимает участок поймы Вятки. Естественными границами заповедника на севере, востоке и отчасти, на юге является река Вятка, образующая на этом участке большую излучину. На западе границей служит р. Прость. Вятка является главной рекой заповедника, хотя и протекает по его границам на протяжении 40 км. Прость имеет ширину в сужениях 3 — 5 м, в расширениях до 15 м. Кроме Прости на территории заповедника насчитывается 4 речки: Простка, Хмелевка, Рель, Березовка. На территории заповедника расположено более 84 озер и 5 водотоков, не считая мелких озер в прирусловой части современной поймы. Все они связаны постоянными или временными протоками в общую систему пойменных водоемов, охватывающую всю территорию заповедника. Крупных озер три: озеро Кривое, длиной 4,4 км, озеро Черное, длиной 2,8 км и озеро Нургуш, длиной 1,3км.
