Деревянный собор во имя Богоявления Господня был построен в 1693 году стараниями жителей Иркутского острога. Собор простоял до 1716 года, но сгорел в большом пожаре.
В 1718 году был заложен каменный храм. Первые его престолы освятили в 1724-1726 гг. Строил собор «каменных дел подмастерье» В. Горяев в причудливом стиле, который позже назовут «сибирским барокко». Для внешней отделки собора впервые был применен орнамент на фасадах. В орнаменте использовалось около 300 многоцветных поливных изразцов с изображениями цветов и сказочных существ из полузабытых языческих преданий. Секрет изготовления изразцов на многие годы был утерян. В Сибири известно только 3 архитектурных памятника, украшенных изразцами.
Богоявленский собор считался главным храмом города до освящения в 1894 году Казанского кафедрального собора. С паперти собора читались важнейшие указы и манифесты, сюда собирался народ в дни торжеств и бедствий.
В 1934 году собор закрыли. В его стенах находился цех хлебозавода, общежитие и склад соли — в главной колокольне. В настоящее время Богоявленский собор отреставрирован и передан церкви.
