По двум существующим версиям монастырь основала в конце XVI века Мария Нагая, мать царевича Димитрия и последняя жена Ивана Грозного, или Ксения Шестова (инокиня Марфа), мать первого царя из рода Романовых Михаила Федоровича.
Первоначально обитель находилась в юго-западной части кремля, за прудом.
В Смутное время вражеские отряды разорили монастырь и убили насельниц вместе с игуменией Анастасией.
В 1661 году монастырь был переведён на ныне существующее место — на Ростовскую дорогу. Вначале он был деревянный, и лишь в 1700 году появляется первая каменная соборная церковь Смоленской Иконы Божией Матери. Особенно большое строительство началось в монастыре в начале XIX века. Сооружаются корпуса братских келий, Федоровская церковь и каменная ограда. В 1853 году заканчивается строительство нового огромного Богоявленского собора по проекту архитектора К.Тона.
Последним храмом монастыря стала небольшая церковь Иконы Божией Матери «Достойно Есть» (1886-1887 гг.).
В 1920-е годы монастырь закрыли, а дальше последовало его разорение. Были уничтожены интерьеры церквей, бесчисленные иконы, исчезли колокольня, ограда, а церковь «Достойно Есть» перестроена в жилой дом. Богоявленский собор практически до наших дней использовался под склад.
В 2003 году началось возрождение двух храмов обители — Федоровской и Смоленской церквей. С 2010 года монастырь вновь действует как женская обитель.
Основание Богоявленского собора связано с поэтической легендой. Место, где он поставлен, первоначально занимал фруктовый сад горожан Буториных.
Весной, когда яблони стояли в цвету, вышедшая на крыльцо Прасковья Буторина увидела, что в сад опустились три лебедя. Так повторялось несколько лет. После продажи земли монастырю, игуменья восприняла это событие как знамение, и алтари собора поместили на то место, где опускались лебеди.
Постройка собора, несмотря на видимое благосостояние обители, стала настоящим подвигом для насельниц. Возводя столь крупное здание, они сами делали кирпич, поднимали его на стены, собирали пожертвования. Много сил и стараний приложила игуменья монастыря Еликонида, которая была инициатором строительства.
Обратите внимание, что женщины входят на территорию монастыря с покрытой головой, а мужчины — снимают головные уборы. В храмах монастыря можно взять «напрокат» платки и юбки.