Образован в 2001 году. Начало комплектования фондов музея было положено весной 1988 г., когда был учрежден Надымский филиал Тюменского музея изобразительных искусств. Основу коллекции музея составляют предметы археологического средневекового памятника Надымское городище (Х – первая половина ХIХ вв.), переданные участниками археологических экспедиций разных лет.
В музее сформированы основные постоянно действующие экспозиции: «История строительства города», «Надымское городище», «Край девочки Саване». Также формируются и разноплановые временные экспозиции.
