Датой создания музея является 1 января 1998 года. В музее функционируют четыре постоянные экспозиции: «Город, который построили мы», «Черное золото Сибири», «Флора, фауна и палеонтология», «Культура и быт народов ханты и ненцев». Ежемесячно в двух выставочных залах и фойе представляются новые выставки. В выставочно-экспозиционных залах и фондохранилищах музея размещено около 6 300 единиц хранения.
