Основные коллекции музея можно разделить на четыре блока: естественные; этнографические; археологические; исторические. В фондах музея имеются коллекции: естественно-научная; археологическая; этнографическая; этномологическая; коллекция произведений изобразительного искусства; вещевые, фото- и документальные материалы по история края.
На 31.12. 2004 г. основной фонд музея составил 73.848 ед. хранения; научно-вспомогательный фонд — 14.978 ед. хранения.
С 1996 года при музее работает Детский музейный центр. Основа деятельности Детского музейного центра — поиск нетрадиционных форм работы с детской аудиторией, основной упор в которых делается на развитие творческих способностей, духовное развитие личности и отказ от укоренившегося в музейной практике информационно-иллюстративного принципа. Экспериментальные формы деятельности направлены на эстетическое и творческое развитие личности ребенка, что способствовало бы включению музея в единую систему непрерывного образования и воспитания детей.
