Музей знакомит посетителей с историей зарождения российского флота, начиная с петровского времени до наших дней. Значительная часть экспозиции рассказывает о тотемских купцах-мореходах и их выходам в Тихий океан во вт. пол. XVIII века. «Кто в море не бывал, тот горя не видал и Богу не молился», – гласила поморская пословица. Экспедиции и последующее освоение северных богатств давало тотемскому купечеству огромные состояния, позволявшие строить неповторимые храмы. Один из экспозиционных залов музея посвящен нашим современникам: Герою России Сергею Преминину, поэту Николаю Рубцову, людям, служившим на флоте уже в наши дни. В летний период на втором этаже храма проходят различные выставки и открыта для посетителей колокольня, откуда открывается удивительный и завораживающий вид на город с высоты птичьего полета. Музей располагается в здании Входоиерусалимской церкви (XVIII в.).