Монастырь был основан в начале прошлого века иеромонахом Илиодором, архитектором В.И. Петропавловским. После революции большая часть его зданий была реквизирована, в них расположили «концлагерь для нетрудовых элементов», позднее — детский дом.
Во время Великой Отечественной войны в обители работали ремонтные мастерские, многие жители находили спасение от атак в подвалах монастыря. Во время Сталинградской битвы фашисты устроили в монастыре концлагерь для плененных красноармейцев и мирных жителей.
После войны были снесены устаревшие корпуса и храм, вместо них на оставшемся фундаменте были отстроены трёхэтажные здания.
С открытием Волгоградской епархии началась активная работа по возрождению Православия на Волгоградской земле.
В начале 1992 года одним из первых был воссоздан Свято-Духов мужской монастырь, и в этом же году Волгоградской епархии было передано одно здание из «Места Свято-Духова монастыря». В нем разместился Царицынский Православный университет, поселились первые насельники и начались богослужения.
Сегодня здесь также размещаются Волгоградское духовное училище и Методический кабинет Волгоградской епархии
