Музей был создан в 1989 году на базе сохранившегося историко-архитектурного комплекса колонии протестантского религиозного братства гернгутеров. Включает 27 строений, 23 из которых — памятники архитектуры федерального значения.
В состав комплекса входит кирха – одно из старейших зданий Волгограда. По воскресным дням в ней звучит настоящий орган. При музее-заповеднике работает немецкая библиотека.
Основание Сарепты связано с манифестом Екатерины II о создании немецких колоний в России. В 1765 году переселенцы-гернгутеры построили на берегах Волги и Сарпы селение, которое вскоре превратилось в цветущий оазис в степи, крупный научный, культурный и торгово-промышленный центр Нижнего Поволжья. Именно сарептяне вывели сорт сельскохозяйственной культуры — горчицу, а также горчичное масло, которое стало в царской России императорским деликатесом.