На территории Воеводского двора ярко выделяется трехэтажный силуэт Дворца Наместника. Возведенный в XVIII столетии, он несколько веков был важнейшим административным зданием Западной Сибири. С января 2009 года здесь располагается основная экспозиция — Музей истории управления Сибирью, где можно познакомиться с 400-летней историей Сибирского региона. Дворец Наместника, являясь центральным музейным комплексом Тобольского кремля, представляет воссозданные фрагменты интерьеров разных эпох, наполненные уникальными предметами из фондов музея.

Первый этаж мемориального здания посвящён эпохе воеводского правления, второй – отражает период губернского правления, на третьем – разместились «присутственные места» – представительские залы, являющиеся одновременно выставочными.

История здания ведет свое начало с 1700 года. Дворец возведен в 1782 году, на месте Приказной палаты, первый этаж которой был сохранен и стал составной частью.

Сегодня Дворец Наместника, являясь объектом музейного показа, представляет уникальные предметы из фондов Тобольского музея – заповедника, воссозданные фрагменты интерьеров разных эпох. Кроме основной экспозиции, жители и гости города могут посетить тематическую — «Культура и быт сибирских татар».

Благодаря удачному местоположению в исторической части города, уютным залам в сочетании с уникальным музейным интерьером, современному звуковому и световому оборудованию, Дворец является одной из самых лучших коммуникативных площадок города и региона. Здесь проводятся деловые встречи, круглые столы, конференции, свадебные церемонии, дни рождения и другие мероприятия.
Также центральный музейный комплекс Тобольского Кремля предлагает дополнительную услугу — выездную регистрацию брака, которая может стать прекрасной возможностью для будущих супругов выбрать уникальное место для главного события в их семейной жизни.
На I этаже музейного комплекса находится «Дворцовая пряничная», где можно отведать сибирские пряники, изготовленные по старинным рецептам, или приобрести в подарок родным или близким.

Для маленьких посетителей работает семейная площадка «Острожек».