История вуза началась с медицинского факультета Томского Императорского университета. За дореволюционный период на медицинском факультете сформировался ряд научных школ. Опыты А.А.Кулябко по оживлению сердца явились предтечей современной трансплантологии. П.П.Авроров и А.Д.Тимофеевский одними из первых русских ученых успешно осуществили работу по культивированию тканей вне организма и т.п. Неоценим вклад преподавателей и студентов-медиков в борьбу с эпидемиями холеры, чумы и тифа (конец XIX – начало ХХ в.) .
Медицинский институт на базе медфакультета был создан в 1930 г.
В официальном рейтинге Рособразования СибГМУ многие годы занимает место в первой пятерке профильных вузов страны.
Гордость университета, помимо достижений в образовательной, научной и лечебной деятельности, – 4 анатомических музея с уникальными препаратами конца XIX – начала ХХ века.
