Монастырь был учрежден вскоре после основания первой крепости на реке Томи, сначала он располагался в устье Киргизки, а затем был перенесен на Юрточную гору.
Первый монастырский храм был построен в первой половине XVII века.
Главная святыня монастырского храма — резная рака с мощами святого Феодора Томского. По народной легенде, под именем старца Федора Кузьмича провел свои последние годы российский император Александр I.
В Богородице-Алексиевском монастыре был в ссылке Абрам Ганнибал, прадед Пушкина.
