Музей открыт 9 мая 1965 г. как народный, в 1971 г. стал филиалом Ставропольского краеведческого музея, в 1998 г. получил статус самостоятельного муниципального музея, с 2005 г. передан в краевую собственность. Располагается в зданиях Кисловодской крепости — памятнике истории и архитектуры федерального значения, с которой начинался курорт Кисловодск.
Музей славится своими коллекциями: археологической, этнографической, кисловодского фарфора. Экспозиция рассказывает об отдельных этапах истории народов Северного Кавказа, исследованиях минеральных источников, развитии Кисловодского курорта, роли казачества в становлении курорта. Большой раздел посвящен Кисловодску как крупнейшей госпитальной базе в годы Великой Отечественной войны. Есть экспозиция под открытым небом — лапидарий. Один из отделов — музей истории космонавтики имени Ф.А. Цандера.
Перед зданием музея установлен памятный знак — каменная глыба доломита (местного камня),- в честь основания города-курорта 13 (25) июня 1803 года.