Существует легенда о греческих мореплавателях, которые попали в бурю, их корабль несло на скалы на неминуемую гибель. Тогда они вознесли руки к небу и стали молиться своему покровителю – Святому Георгию Победоносцу. И случилось чудо: Святой Георгий явился, и буря стихла.  
В благодарность за спасение на скале, где произошло святое Явление, установили семиметровый металлический крест, а на берегу основали Георгиевский монастырь. От монастыря к Яшмовому пляжу ведут 800 ступеней.
Монастырь, будучи одним из немногих христианских обителей на полуострове, существовал как при генуэзцах, так и во времена Крымского ханства.
В 1820 году Севастополь посетил Александр Сергеевич Пушкин. Поблизости Свято-Георгиевского монастыря открыта беседка-ротонда с памятной доской, посвященной этому событию. В разное время монастырь посещали императоры Александр I, Николай I, Александр II, Александр III, Николай II с императрицей Александрой Федоровной, а также такие представители русской интеллигенции: А. Чехов, А. Грибоедов, И. Бунин, И. Айвазовский, А. Островский.
В период Крымской войны здания монастыря занимали союзные войска, но здание сохранилось.
После празднования тысячелетнего юбилея в 1891 году принято решение обустроить территорию монастыря: отремонтированы здания, проложена 640-метровая лестница к монастырю и к берегу моря.
29 ноября 1929 года Георгиевский Балаклавский монастырь ликвидирован советской властью и передан курортному тресту. В советское время находился на территории военной части.
Возрождение Свято-Георгиевского монастыря началось в 1991 году, ко дню его 1100-летия, когда трудами благочинного Георгия Полякова на скале установили взамен утраченного семиметровый крест.