На правом берегу речки Черной в вырубленных в скалах Инкермана пещерах находится Свято-Климентовский мужской монастырь. Ранее эти культовые помещения использовались жителями крепости Каламита, возведенной в 1427 году князем Алексеем – правителем княжества Феодоро, на месте еще более древних укреплений Загайтанской стены.
По преданию, основание монастыря связано с именем святого Климента – 4-го Папы Римского 92-101 года, сосланного за проповедь христианства императором Траяном в каменоломни в окрестностях Херсонеса и претерпевшего здесь в 101 году мученическую кончину.
По мнению исследователей вырубленную в скале базилику главного храма монастыря Св. Климента построили в период от VIII до XV века. Рядом находятся еще две пещерные церкви – во имя Святого Апостола Андрея Первозванного и Святого Мартина Исповедника.
После захвата в 1475 году крепости турками, монастырь постепенно пришел в упадок. Возрождаться обитель начала лишь после присоединения Крыма к России в 1783 году. Инкерманская киновия открылась вновь в 1850 году, и просуществовала здесь до 1926 года, когда советская власть ее упразднила. 15 декабря 1931 года прекратили существование и древние пещерные храмы.
Во время Великой Отечественной войны в пещерах монастыря размещался штаб 25-й Чапаевской дивизии Приморской армии, которая в июне 1942 года на Инкерманских высотах сдерживали врага, рвавшегося к Севастополю.
Спустя 60 лет после закрытия монастырь возобновил богослужения трудами настоятеля архимандрита Августина, братии и мирян началось постепенное возрождение монастыря, и восстановление храмов. Из Киева была передана частица мощей святого священномученика Климента, которые по сей день хранятся в Свято-Климентовском храме.