Музей-усадьба включает в себя комплекс сооружений: дом семьи Чернышевских, флигель О.С. Чернышевской, дом Пыпиных, в котором родилась мать Н.Г. Чернышевского и здание, в котором развернута монографическая историко-литературная экспозиция. Основной фонд музея насчитывает более 28 000 единиц хранения, в том числе редкие книги, рукописи, документы и фотоматериалы.