Сахалин — каторжная колония дореволюционной России — и первый музей на острове был основан именно каторжной администрацией и ссыльными в 1896 году. После подписания Портсмутского мира в 1905 г. и передачи Японии юга Сахалина музейная деятельность стала вестись обоими государствами, именно тогда японской стороной и было построено нынешнее здание музея. А уже после окончания Второй мировой войны японский музей был национализирован и все коллекции из советского краеведческого музея были перевезены сюда же.
Коллекция музея насчитываеn двести тысяч предметов. Наиболее ценные экспонаты — старинные предметы традиционной культуры аборигенов Сахалина и палеонтологические коллекции. Привлекает внимание и здание музея, выполненное в традиционном японском стиле «императорская корона».
