Спасо-Елеазаровский монастырь был основан в 1447 году Ефросином Псковским, в миру Елеазаром. В начале XVI века в монастыре жил старец и игумен монастыря Филофей (ок. 1465-1542) — летописец, книжник и мудрец. Известны его послания великому князю Московскому
С 1510 по 1547 годы Спасо-Елеазаровский монастырь был центром духовной жизни Пскова. В годы расцвета монастыря здесь было составлено житие его основателя Евфросина, проведено редактирование Псковской I летописи. В эти же годы в Елеазаровском монастыре был переписан экземпляр «Слова о полку Игореве», попавший впоследствии к Мусину-Пушкину.
Монастырь неоднократно подвергался нападению литовцев, поляков и ливонских рыцарей.
Главная монастырская святыня — собор Трех Святителей (Василия Великого, Григория Богослова. Иоанна Златоуста) — построен во второй половине XVI века и представляет собой великолепный образец псковской средневековой архитектуры.
К 1917 году в Спасо-Елеазаровом монастыре было 18 монашествующих, 15 послушников. Земельные угодья монастыря составляли 338 десятин. После революции монастырь был закрыт и подвергся сильному разорению. После закрытия монастыря его помещения использовались под склад, а позднее были переданы под устройство санатория для больных туберкулезом.
До 1999 года на территории монастыря располагались детский спортивный лагерь и жилой комплекс. В 2000 году монастырь был передан Русской Православной Церкви.
Бывшая мужская обитель сейчас воссоздается как женская.
