Прекрасный образец готической архитектуры был построен в период с 1907 по 1909 год. С инициативой о постройке церкви выступил переселенец с Аляски во Владивосток Отто Рейн. Лютеранская община возвела на выкупленном Отто участке земли деревянную церковь.
В 1909 году средствами местных предпринимателей немецкого происхождения деревянная кирха была заменена на кирпичную.
Архитектор Георг Юнгхендель воплотил в этой церкви классический облик храма в стиле позднеготической архитектуры севера Европы. Кирха была возведена на возвышенности, почему и стала своеобразным архитектурным венцом улицы Пушкинской.
Основную сумму на строительство церкви из кирпича, который был доставлен из Германии, внесла торговая фирма «Кунст и Альберс».
В советское время в церкви располагался клуб старшин Тихоокеанского флота, кинотеатр имени Горького, Военно-исторический музей ТОФ.
С 1997 году здание функционирует по прямому назначению. Помимо богослужений, в лютеранской церкви Святого Павла регулярно проводятся благотворительные мероприятия и органные концерты.