Первая Иоанно-Предтеченская церковь была построена на окраинном городском кладбище на средства кунгурского купца С. В. Юхнева в 1792 году. В 1872–1878 годах храм был перестроен по проекту архитектора Н. А. Воскресенского и превращен из одноглавого в пятиглавый. Позже, в 1894–1917 годах, храм был перенесён к могиле известного купца-чаеторговца, почетного гражданина города Кунгура, Алексея Семёновича Губкина. Строительство нового пятиглавого храма в псевдорусском стиле велось на средства внука и наследника Алексея Семеновича – А. Г. Кузнецова.
