Жизнь монастыря тесно связана с именем его основателя юродивого Варлаама Хутынского, одного из самых почитаемых святых на севере России. По легенде, монастырь появился в XII веке на «худом месте», находившемся во власти злых сил. Силой молитвы Варлааму удалось изгнать злых духов и воздвигнуть храм — церковь Спаса Преображения. Сегодня монастырь представляет собой архитектурный комплекс XVI–XIX вв. На его территории находится святая горка с часовней Варлаама Хутынского, а недалеко от монастыря – святой колодец. В Преображенском соборе хранятся мощи преподобного Варлаама. В приделе Святого апостола Иоанна Богослова покоится прах великого русского поэта и государственного деятеля Гавриила Романовича Державина, завещавшего похоронить себя в Хутынском монастыре.
В 1611 году Хутынский монастырь стал штаб-квартирой шведов, напавших на Великий Новгород. В связи с этим православная обитель от шведского нашествия почти не пострадала. Тем не менее, шведы увезли с собой более 139 фунтов серебра с гроба Варлаама-чудотворца и жемчуга на 58 рублей.
В 1764 году обитель в Хутыни получила первый монастырский класс. В 1816 году в Богословском приделе собора Преображения Господня был, согласно завещанию, захоронен поэт Гаврила Державин.
